La iconografía de San Juan ofrece dos tipos muy diferentes: joven e imberbe o con los rasgos de un anciano de barba blanca. Sus atributos más constantes y característicos son el águila, la copa de veneno, el caldero de aceite hirviente y la palma del Paraíso. A titulo de autor de un envangelio tiene como atributo un águila que se sirve de pupitre o le presenta un tintero en el pico. En las miniaturas carolingias, a veces él mismo está representado con cabeza de águila.
En los ciclosde los apóstoles tiene como embleme la copa envenenada, de la que escapa el veneno en forma de drargoncillo. El atributo de la copa envenenada apareció tardíamente, en el siglo XIII. La copa envenenada con frecuencia tiene la forma de un cáliz donde, en lugar del dragón, encima del recipiente se representa una hostia.
La palma que sostiene San Juan no es la del martirio, sino la que un ángel la habría llevado a la Virgen y que esta, en su lecho de muerte, le confió para que la llevase ante su féretro en el funeral. No es un atributo constante, como la copa, sino ocasional, reservando a
tres temas: el tránsito, el enterramiento y la Asunción de la virgen.